边境牧羊犬的训练一般分为三个阶段：基本指令训练、牧羊能力测试和技能训练。

1. 基本指令训练：这一阶段是最重要的，也是最早开始的。它包括对狗狗学习表情、声音及响应命令的教导。这些命令包括“来”、“去”、“住手”、“回来”、“不要动”及其它相关的命令。正常情况下，在6-8个月左右就可以完成这一阶段的基本指令训练。

2. 牧羊能力测试：在学习了基本命令后，牧民会将狗狗带到牧场上进行测试，看看它是否适合作为一只牧羊狗使用。这一步很重要，因为它能够帮助牧民决定是否应该将狗狗用作真正的工作用途。如果测试通过了，就会开始正式的牧场训练。

3. 技能训练：当狗狗通过了前面几步之后就会针对具体情况开始深入的技能训练了。例如根据不同地形条件学习如何保障畜生不出界或者避免危险情况出现之外, 还要学习如何快速耐力大幅度地前往相对遥远处方便畜生飞奔, 保障畜生集中性, 合理利用围栏, 避免畸形表态出闯, 确保畸形表态时快速耐力大幅度地前往相对遥远处方便畸形表态时快速耐力大幅度地前往相对遥远处方便 …… 上面所列几部正常情况下整套牧民已耗时数十天甚至上千天。